Este Hospital lleva el nombre del Dr. Abel Gilbert Pontón, médico reconocido por su gran pasión hacia su profesión. Demostró una marcada sensibilidad por el sufrimiento del pueblo, de aquí parte su frase célebre: “Mis manos no me pertenecen: son del pobre cuando las necesita y del rico cuando las paga”. Desde muy joven fundó la Clínica Guayaquil, y se  dedicó a ofrecer servicios de salud a todo paciente que lo necesitara.

Al finalizar la década del 60, atendiendo la necesidad de los servicios de salud de una población vulnerable, comienza la construcción y equipamiento de un nuevo Hospital en el corazón de Guayaquil, en la parroquia Febres Cordero.

 Así nace el Hospital Guayaquil, fundado el 7 de octubre de 1973 en el Suburbio de esta ciudad por el Señor General de División Guillermo Rodríguez Lara, Presidente de la República, y el Ministro de Salud, Dr. Raúl Maldonado Mejía, quienes nombraron como Director Hospitalario al Dr. Eduardo Iglesias Espinel.

En sus inicios, el hospital funcionó como un gran Centro de Salud, con un personal asistencial conformado por 15 médicos, 2 odontólogos y 15 auxiliares de enfermería. Los servicios fueron abriéndose progresivamente. La Consulta Externa empezó sus actividades en el año de 1974, Ginecología - Obstetricia y Quirófanos en 1975, Fisiatría y Medicina Interna en 1976, llegando a funcionar con capacidad total en 1978. En este mismo año se inauguró el Laboratorio Patológico.

En 1983 la Subsecretaría de Salud del Guayas ocupa parte del terreno perteneciente al Hospital con el fin de implementar el Servicio de Órtesis y Prótesis. En 1981 se realizaron transformaciones internas en los quirófanos y en el año de 1985 se realiza un reequipamiento del Hospital para el área de Imagenología, cocina, Medicina Interna, UCI.

El 25 de abril de 2012, mediante acuerdo Ministerial #667, suscrito por la Srta. Carina Vance Mafla, Ministra de Salud Pública, eleva al hospital a categoría 3, convirtiéndolo en Hospital de Especialidades Guayaquil Dr. Abel Gilbert Pontón. Desde diciembre del mismo año, se encuentra en proceso de remodelación.

Actualmente, es un hospital de alta complejidad del Ministerio de Salud Pública, de referencia a nivel nacional, destinado a brindar atención ambulatoria, hospitalización, recuperación y rehabilitación de la salud a poblaciones vulnerables de la región Costa. Posee una amplia cartera de servicios, con personal sanitario especializado en brindar una atención de calidad y calidez, garantizando la gratuidad de todos los servicios, medicamentos e insumos.